作法は、まず庚申さまにお詣りをして、お堂にある砂を茶碗一杯ほど頂いて帰り、その砂でイボの箇所を軽くさするだけです。これを何日か続けると、その後徐々にイボが小さくなり、やがて消えてなくなると言われています。(お詣りしただけで取れたという人もいます)
願いが叶ったらお礼詣りをしますが、その際には、持ち帰った分の倍量のきれいな砂をお返しするしきたりになっています。近年では、イボが取れるならと、癌が治るご利益を期待してお詣りする方もいるようです。
なお、この庚申堂は『大泉かるた』に「願い叶える いぼとり庚申」と読まれています。